El lago Cholila es parte de un inmenso complejo de lagos cuyas aguas nacen en los glaciares enclavados en los altos surcos de la cordillera andina. De origen volcánico, este sistema montañoso es la columna vertebral del continente y sirve de frontera natural entre los países linderos.

La superficie del lago Cholila es de 5.500 hectáreas y se encuentra a 590 metros sobre el  nivel del mar. Sus aguas alcanzan la profundidad de 90 metros en algunas partes, y reflejan en sus destellos color turquesa los cerros Dos Picos y Tres Picos, de 2.530 m. y 2.492 m. respectivamente.

Cuatro arroyos desembocan en el lago y ofrecen excelentes opciones para caminatas o pesca.
El arroyo El Turco nace en lo alto del cerro Tres Picos en la margen norte del lago y presenta un hermoso entorno para una caminata, además de la oportunidad de sacar fontinalis de buen tamaño en su desembocadura.

El arroyo Pasto Miel nace en la pared sur del cerro Tres Picos, y debe su nombre a la gélida dulzura de sus aguas que se pueden beber.

Al extremo sur del lago, el arroyo Cascada se lanza por una caída de 35 metros en las profundidades de los bosques antes de encontrar su camino al Cholila, formando una bellísima imagen para completar otra caminata.

El afluente más grande es el rio Tigre, cuyas nacientes se generan en el glaciar del mismo nombre y desembocan en la costa oeste del lago.

Desde la margen este del lago nace el Río Carrileufú, o rio Verde, en el idioma Mapuche. Tiene un recorrido de 35 km que puede ser flotado en un paseo en gomón o en excursión de pesca.

Clima
Por su proximidad a la cordillera, el tiempo en Cholila es altamente inestable y puede mutar desde un sol radiante y cálido hasta lluvia y viento en una cuestión de minutos durante el día. Los visitantes deberían prepararse para todo tipo de clima, incluyendo protección solar como los rayos solares a esta latitud son particularmente fuertes. Por otro lado, los días en verano son largos con tardes aparentemente eternas y amanece temprano.